O uso de drogas e álcool por Wilson foi acompanhado de períodos de depressão e alucinações auditivas. Ele também sofria de transtorno esquizoafetivo e transtorno bipolar, segundo um biógrafo.
Tenho pavor das vozes depreciativas que ouço. Elas dizem coisas como: ‘Você vai morrer em breve’, e eu tenho que lidar com esses pensamentos negativos. Mas não é tão ruim quanto costumava ser. Quando estou no palco, tento combater as vozes cantando bem alto. Quando não estou no palco, toco meus instrumentos o dia todo, fazendo música para as pessoas. Além disso, beijo minha esposa e meus filhos. Brian Wilson à revista Ability, em 2006
Entre os altos e baixos de Wilson, os Beach Boys tiveram dificuldade para recuperar o sucesso dos primeiros álbuns. Em 1983, Dennis, irmão de Brian, morreu afogado. Outro irmão, Carl, morreu de câncer em 1998. O restante da banda se deteriorou entre processos judiciais.
A relação de Brian Wilson com um psicólogo polêmico acabou virando filme. O astro passou anos em reclusão e, após uma intervenção da família, passou a ser tratado por um controverso terapeuta, que acabou perdendo a licença para atuar na área. Estima-se que ele foi pago mais de 3 milhões de dólares antes de receber uma ordem de restrição para se afastar de Wilson. A história virou o filme “The Beach Boys: Uma História de Sucesso”.
O último trabalho de Wilson foi o álbum “No Pier Pressure”, lançado em 2015, com participações de Kacey Musgraves e Zooey Deschanel. As últimas décadas de Wilson foram marcadas por trabalhos solo, como o lançamento de “Brian Wilson: Presents Smile” (2004), uma versão revisitada de um álbum concebido inicialmente no final dos anos 60, mas adiado por tempo indefinido em meio às crises do músico. Em 2016, publicou a autobiografia “Eu Sou Brian Wilson” (Editora Novo Século) em que detalhou, entre outras coisas, os abusos sofridos nas mãos do pai.
